Исследователи предполагают, что православный храм был возведен в момент правления двух князей Бориса и Глеба Всеволодковичей в Гродно. Соответственно, церковь была освящена в честь их одноименных небесных покровителей в начале 12 века. По другой версии, церковь была построена не гродненскими князьями, а их сыновьями только в конце 12 века. Место для строительства было выбрано не случайно: в урочище Коложань бьют природные родники, а когда-то давно оно почиталось местными язычниками. Поэтому не только сама православная святыня представляет большой интерес, но и место, на котором она стоит.
В 1184 году случился разрушительный пожар, который практически полностью уничтожил главную церковь города. По этой причине Борисоглебский храм решено было сделать главной православной святыней в городе Гродно. Активно развивалась церковь на протяжении 4-ех веков, однако в 16 веке пришла в упадок. За четыре столетия церковь сильно обветшала: крыша пришла в негодность, а верхняя часть стен существенно износилась. Скорее всего, это связано с тем, что в это время на эти земли частые набеги совершали крестоносцы. Легенда, которую изложил униатский священник
в 18 веке Кульчинский, гласит, что Борисоглебская церковь была полностью разрушена в 15 веке. В то время московские войска князя Ивана III во время русско-литовской войны осаждали Старый замок, а для того, чтобы удобно было размещать пушки и стрелять по замку, решено было засыпать церковь песком. Однако исследования, проведенные немного позже, не подтверждают этот рассказ.
В 16 веке церковь Бориса и Глеба подвергалась реставрационным работам, однако спустя столетие ее вновь сильно повредили. К концу 17 века в храме не было ни окон, ни дверей, а летом постройка церкви служила стойлом, предназначенным для скота местных жителей. Впоследствии было установлено, что церковь имеет неудачное месторасположение из-за постоянного оседания
грунта, который регулярно подмывает Неман. В итоге в 1853 году практически половина церкви полностью обрушилась. Немного позже недостающие части храма были восстановлены деревянной достройкой. Сегодня православная святыня является действующей.
Внутри стен храма вмурованы специальные голосники, которые позволяют создавать уникальную акустику внутри Борисоглебской церкви. К слову, весь декор храма весьма оригинален, поэтому многие историки предполагают, что в 17 веке в Гродно была своя архитектурная школа.